バーコードリーダーは、HIDプロファイルで接続されると「物理キーボード」として認識されます。「物理キーボード」接続中の「仮想キーボード」の振る舞いは、Androidまたは仮想キーボードの設定から変更してください。
仮想キーボードに関わる設定が無い場合は、バーコードリーダーの電源を切る・Bluetoothをオフするなどして通信切断させて表示させてください。
キーボード入力が可能なアプリを実行し、テキストボックスなどにフォーカスさせてキーボードで文字入力が可能な状態になると、キーボードアイコンが画面の下部や上部のステータスバーに表示されますので、それをタップします。
物理キーボード接続中の仮想キーボードの振る舞いの設定があれば設定してください。